在《海商王2》中，玩家扮演远海中的一位海盗，希望通过各种手段获得财富。游戏从一次出航开始，你可以前往英国、西班牙、法国和德国等地，当然作为一名海盗你也可以在海上到处闲逛。本作采用强化的图形引擎，实现了游戏世界的全动态效果。这一引擎同样融合了2D和3D画面，所有海战都是3D画面，而陆地战则是采用漂亮的2D画面。游戏中有19种可以交易的物品，包括棉花、烟草、木材、小麦和衣物等。每个小镇和港口都可以生产其中的五种物品，而其它的则需要借助进口。
除了运货外，在本作种你还可以当一名地产经纪人，你可以从城镇管理者那里获得建筑物的购买权，然后在小镇建立起各种建筑，提高小镇的生产能力。一旦你在某种货物上形成垄断，就可以控制价格，实现最大经济利益。
前作由于系统复杂受到批评，为了让玩家更容易上手，《海商王2》将会采用更加亲切的界面，并且有多个简单易懂的教学模式。此外本作种的战役模式规模上要更小，多数都是与情节相关的小规模战役。当然喜欢大规模战役的玩家也会在本作中找到乐趣，你可以在加勒比海建立自己的海盗王国。本作的战斗系统也有很大改进，本作中每次战斗只能用一艘船，被击毁后才能派出下一艘船。除了海战外，本作还加入了近距离击剑战。如果你想占领一个小镇或者敌船，可以与敌方官或者船长进行决斗。决斗模式像个迷你游戏，你可以攻击敌方身上的各个部位，抵挡住对方的攻击，如果时间把握得当还可以施展必杀技。