若叶镇的健太是一个培养宠物小精灵并与之共同成长的平凡的男孩，他和搭档火爆鼠它们在一起旅行的某天，在小精灵中心里偶然遇到了青梅竹马的女孩真理奈。久违的重逢后大家为了确认对方的成长而决定进行宠物小精灵比赛。就在这时，突然大地摇晃，雷鸣轰耳，天空中的雷云放出闪电……
冒险即将在与TV正篇和电影不同的宠物小精灵世界里展开……